10 Şubat 1999'da Magazin Gazetecileri Derneği’nin düzenlediği ödül töreninde yılın en iyi sanatçısı ödülünü aldı. Konuşmasında "Yeni albümümde bir Kürtçe şarkı söyleyeceğim ve bu şarkıya bir klip çekeceğim" sözleri eleştiri aldı. Bu olayın hemen sonrasında Ahmet Kaya'nın 1993 yılında Berlin'de düzenlediği bir gecede verdiği iddia edilen bir konser nedeniyle hakkında DGM'de toplam 10.5 yıl ağır hapis istemiyle iki ayrı dava açıldı. Haziran 1999'da Türkiye'den ayrıldı. Ahmet Kaya, 16 Kasım 2000 yılında "Hoşçakalın Gözüm" isimli albümünün kayıtlarını yaparken, Paris'in Porte de Versailles semtindeki evinde geçirdiği kalp krizi sonucu hayatını kaybetti. 17 Kasım'da 30.000'in üzerinde insanın katıldığı törenle Paris'in Peré Lachaise mezarlığına uğurlandı. Albümleri: Ağlama Bebeğim (1985), Acılara Tutunmak (1985), Şafak Türküsü (1986), An Gelir (1986), Yorgun Demokrat (1987), Başkaldırıyorum (1988), Resitaller-1 (1989), İyimser Bir Gül (1989), Resitaller-2 (1990), Sevgi Duvarı (1990), Başım Belada (1991), Dokunma Yanarsın (1992), Tedirgin (1993), Şarkılarım Dağlara (1994), Beni Bul (1995), Yıldızlar ve Yakamoz (1996), Dosta Düşmana Karşı (1998), Hoşçakalın Gözüm (2001), Dinle Sevgili Ülkem (Tribute-2002), Biraz da Sen Ağla (2003), Kalsın Benim Davam (2005), Gözlerim Bin Yaşında (2006), Ülkemde Son Turnem (VCD/DVD) (2010), bir eksiğiz... (Tribute-2013)